Barokowy kościół pw. św. Sebastiana, to wyjątkowe miejsce na mapie Opola. W XVII w. w miejscu, gdzie obecnie znajduje się kościół stała karczma, której piwnice – jeśli wierzyć żyjącemu w XIX w. Franciszkowi Idzikowskiemu, autorowi książki „Opole, dzieje miasta do 1863 r. – sięgały aż do środka placu. W tej karczmie 31 marca 1679 r. zmarł chory na dżumę cudzoziemiec. Zaraza bardzo szybko się rozprzestrzeniła po mieście. Na jej skutek do końca grudnia 1680 r. zmarło ok. 900 osób, tj. blisko połowa ówczesnych mieszkańców Opola. Gdy epidemia ustąpiła, ci co przeżyli, postanowili jako dar wotywny wznieść kaplicę w miejscu zburzonej karczmy i poświęcić ją św. Sebastianowi, męczennikowi i patronowi chorych na choroby zakaźne. Niewielką świątynię wzniesiono wiosną 1681 r. W latach późniejszych kaplicy przyznano różne darowizny, a z dochodów wikariusze byli zobowiązani do całorocznego odprawiania czterech śpiewanych i sześciu cichych Mszy św. za zmarłych i wygłaszanie dwóch kazań w języku polskim w niedzielę po św. Sebastianie i św. Ruchu. W sobotnie wieczory przed tymi niedzielami odprawiano uroczyste nieszpory.

W 1681 r., gdy uporano się z epidemią dżumy, władze Opola poleciły, aby każdy mieszczanin wysłał trzy osoby spośród swoich bliskich i pracowników na pielgrzymkę dziękczynną do Piekar Śląskich (ob. woj. śląskie). Uroczysta procesja wyruszyła 8 lipca 1681 r. W pierwszym szeregu szły bractwa św. Franciszka i Różańca św. z chorągwiami i obrazami, za nimi młodzież szkolna, kanonicy, jezuici i wikariusze z kościoła kolegiackiego. Dalej szły władze miasta, a za nimi prawie wszyscy mieszkańcy ówczesnego Opola w 24 wozach. Na uroczystej Mszy św. w Piekarach Śląskich (odprawionej w nadzwyczajnym rycie rzymskim) ks. dziekan Tomasz Wonsowicz wygłosił kazanie w języku polskim, a ks. dziekan Maciej Scharkovius w j. niemieckim. Mieszkańcy Opola podarowali sanktuarium w Piekarach Śląskich 29 srebrnych tablic wotywnych.

Kościół cudem ocalał z pożarów, które strawiły miasto w 1682 i 1684 r. Wewnątrz znajdują się m.in. organy z nieistniejącego już kościoła jezuitów (spłonął w 1682 r.). W 1932 r. rozbudowano prezbiterium i dobudowano kruchtę. Obecnie kościół słynie z tego, że w niedziele odprawiana jest tutaj Msza św. w języku niemieckim, a o godz. 18.30  po łacinie, w nadzwyczajnej formie rytu rzymskiego (tzw. trydencka).